Para explicações no universo, provavelmente tem uma lógica semelhante à mudança uniforme do DS9 / First Contact, que é apenas mais "militarista" e reflete uma mudança de mentalidade. O mesmo vale para os modelos tricorder e phaser atualizados.
De certa forma, você poderia argumentar que o azul é um pouco menos perturbador, e a redução de diversas cores dá às cores especializadas (como o vermelho) um significado maior. Este é um princípio de design real, mas um trecho neste contexto.
Enquanto a informação é definitivamente falta, eu suspeito strongmente que a mudança teve a ver com os dois complementando a gradação de cor agressiva do filme, bem como olhando melhor nas novas telas de LCD que substituíram os adereços CRT.
Apesar dos muitos benefícios dos LCDs, o "preto" sempre aparece mais como um cinza escuro quando comparado a um monitor CRT, e esse efeito colateral é realmente evidente em todo o filme em todos os monitores animados. Se eles tivessem mantido as cores originais, eu acho que eles pareceriam visivelmente distorcidos, fazendo um redesenho plano ainda mais necessário.
No que diz respeito aos botões 3D, pode-se argumentar que é simplesmente menos perturbador ter esse tipo de aparência "incorporada". Eu também estou supondo que a maior mudança de design de software com o Mac OS X e sua interface de usuário sofisticada com aparência 3D forneceu inspiração para isso.