Sim, você pode sair do aeroporto. Você terá que passar por controles de imigração em Frankfurt, em qualquer caso, para chegar ao seu portão de embarque. Portanto, você deve fazê-lo mesmo que não saia do aeroporto e não passará pelos controles de imigração na Grécia.
Seu voo da Alemanha para a Grécia é um voo interno de Schengen, efetivamente um voo doméstico. Portanto, depois de retornar ao aeroporto, você não passará por um ponto de controle de controle de passaportes.