De Memória Alfa :
Most phasers are classified as particle weapons and fire nadion particle beams, (VOY: "Time and Again") but some like the Ferengi hand-phaser are classified as plasma weapons and fire forced plasma beams.
Então, [a maioria] dos phasers são armas de partículas (isso explica um pouco porque podemos vê-las) e, portanto, não podem passar por vidro (ou alumínio transparente, do qual provavelmente são feitas as barreiras mais transparentes).
Como as partículas não passam pelo vidro, elas o danificam.