Na transfiguração HPMOR, o usuário mágico deve visualizar a forma e a substância. Harry Potter-Evans-Verre descobriu a transfiguração parcial ao perceber que a realidade subyacent do mundo é quântica (ganhando alguma liberdade em relação à parte da forma), mas ele ainda precisa visualizar uma substância conhecida por ele (nanotubos por exemplo).
Com isso em mente, existem duas possíveis limitações para recriar a pedra:
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Ele pode não conhecer a substância que faz a pedra. Se for esse o caso, ele pode recriá-lo quando tiver tempo suficiente para estudar a pedra original com um microscópio eletrônico.
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A substância da pedra pode não ser tão importante. Vamos colocar desta forma se você tiver um horcrux na forma de um notebook, transfigurar esse notebook será suficiente para reproduzir a magia do horcrux? Nós não sabemos, talvez itens mágicos não dependam da configuração da questão para efeitos mágicos. É um tópico interessante para experimentação.