Não, definitivamente não é tão fácil. Além dos 3 passeios de trem e do transporte de bagagem em trens que outros mencionaram, se você reservar por via aérea, suas malas serão despachadas até o AMS da PHL. Você não precisará fazer nada no JFK além de caminhar do portão de desembarque até o portão de embarque. Se for a mesma companhia aérea ou um parceiro operando no mesmo terminal, você não precisará passar pela segurança novamente no JFK.
Se você voar, só precisará tocar em suas malas e liberar a segurança no PHL, assim não precisará planejar uma escala longa no JFK se tudo estiver reservado em um único ticket. Por outro lado, se você pegar o trem, precisará planejar mais tempo no JFK, pois precisará esperar na fila para despachar as malas e esperar na fila para liberar a segurança. Dependendo do terminal, companhia aérea, hora do dia, se você tem TSA PreCheck, seu status na (s) companhia (s) aérea (s) em questão e sua classe de serviço reservada, isso pode levar de alguns minutos a mais de uma hora. Definitivamente, levará mais tempo do que apenas caminhar do portão de desembarque até o portão de embarque se ele estiver reservado na mesma companhia aérea.
Note, no entanto, que o acima só se aplica à direção que você indicou: PHL-JFK-AMS. Para o caminho inverso, o mesmo não seria verdade. Para o AMS-JFK-PHL, você precisa liberar a imigração e a alfândega dos EUA no JFK e, em seguida, limpar a segurança novamente para obter o seu voo de conexão com o PHL. Ao chegar nos EUA, você sempre precisa limpar a imigração dos Estados Unidos no seu primeiro porto de chegada (o caso normal) ou no último aeroporto antes de chegar aos EUA (no caso de aeroportos com pré-despacho de imigração nos EUA, que a AMS não.)
Além disso, como outra resposta mencionou, se você reservar um único bilhete, a companhia aérea será responsável por levá-lo ao AMS no caso de uma conexão perdida. Por outro lado, se você reservar o trem e o ar separadamente, você estará potencialmente no gancho para as conseqüências de uma conexão perdida se os trens estiverem atrasados.