Eles não gastam muito tempo explicando isso no filme, você tem que juntar vários diálogos durante aquela cena (e outros mais tarde). Mas, Ultron não está "no" cetro, ao contrário, o cetro contém a última peça de tecnologia que Stark e Banner precisaram para concluir a construção do projeto Ultron.
Dado que a Banner já estava familiarizada com a Ultron no início, podemos assumir que era o nome de um projeto em que Stark e Banner estavam trabalhando. Presumivelmente, alguma forma de inteligência artificial seria autoconsciente o suficiente para defender a Terra contra ameaças anteriormente desconhecidas (especialmente as alienígenas). Grande parte do trabalho na construção que aparentemente estava no lugar. Quando JARVIS examinou o cetro, viu que havia algo dentro dele que interpretou como "código" para algum novo sistema operacional avançado. No entanto, enquanto o sistema operacional JARVIS é claramente artificial e digital, o "código" dentro do cetro parecia muito mais orgânico e fluido, como você pode imaginar um computador "biologicamente baseado" pode parecer.
Tony acreditava que poderia adaptar o código de dentro do cetro e modificá-lo de alguma forma para interagir com o projeto Ultron existente. Acontece que a "coisa" dentro do cetro era na verdade a Pedra da Mente, que é um objeto muito mais avançado e poderoso do que qualquer tecnologia baseada na Terra. Então, quando Tony tentou aproveitar esse poder e, essencialmente, ligá-lo à sua tecnologia existente, ele rapidamente assumiu. A combinação de todas essas coisas - o poder da Pedra Mental, o hardware Stark e os protocolos existentes "salvar o mundo" que Tony já havia incorporado no projeto Ultron, todos combinados para tornar a entidade conhecida como Ultron. Exatamente por que existe um código de computador dentro de um artefato mágico de milhões de anos do começo da criação não é realmente explicado, muito menos como JARVIS e Tony o reconhecem como um sistema operacional. Se eu tivesse que especular, suspeitaria que fosse apenas o modo como a Pedra da Mente decidira se expor a Tony, de uma forma que sabia que reconheceria. Sabemos que a Pedra da Mente é imensamente poderosa, particularmente com habilidades mentais - isso tornava Strucker mais inteligente apenas ao redor dela - então sondar o cérebro de Tony para descobrir alguma forma que lhe permitisse entender e usar seu poder seria trivial para ele.