Para expandir a resposta do @Juan Manuel um pouco:
Walter originalmente construiu um dispositivo que poderia ver outros universos paralelos, baseado na versão do Universo Fringe da teoria dos muitos mundos. Ele usou esse dispositivo para assistir a versões alternativas de si mesmo para tentar resolver o problema da doença fatal de Peter, algo que ele não conseguiu fazer a tempo. Walter encontrou muitos desses universos, nenhum deles curando Peter com sucesso. Ele estava focado em um mundo em particular, onde o substituto estava perto de resolver o problema quando as coisas iam para o lado.
Ele acabou de ver que o experimento de Walternate teve sucesso, no mesmo momento em que o Observer September distraiu Walternate, fazendo com que ele perdesse o resultado. Walter então decidiu que ele realmente precisava ir para o outro universo e salvar Peter. (Totalmente pretendendo, creio eu, retornar Peter quando ele foi feito.) Foi quando Walter construiu o dispositivo de ponte real para viajar para aquele universo e recuperar Peter, curá-lo e devolvê-lo.
Quando ele finalmente passou por seu plano, o resultado final foi que Peter permaneceu em nosso mundo, e agora havia um desequilíbrio entre os dois mundos. Isso uniu esses dois universos específicos de uma maneira que outros universos não eram. Walter fechou a ponte, mas ainda estava "lá" em algum sentido que os dois universos estavam conectados e "se movendo juntos".
Em teoria, o dispositivo de ponte de Walter poderia levar alguém a qualquer outro universo, assumindo que eles pudessem "encontrá-lo" e calibrar a máquina corretamente. É simplesmente que o nosso universo e o universo-prima eram os mais fáceis de construir pontes (tendo sido feito uma vez), e havia pouco incentivo para qualquer um de qualquer universo encontrar um terceiro.