Não há, segundo minha memória, nenhuma resposta canônica do porquê jango não matou Obi-Wan e Anakin (isto é, não há nenhum material onde Jango explicitamente diga por quê), mas dadas as circunstâncias, algumas suposições podem ser feitas.
1. Ele não foi pago para.
Jango Fett foi contratado para matar Padmé Amidala, não os dois jedi. Quando seu subcontratado (Zam Wessell) falhou em realizar a ação, ele decidiu retirar todos os traços que levavam de volta a ele. Isso foi simplesmente limpeza, não negócios.
2. Inconveniente
Matar dois (ou um para esse assunto) jedi provavelmente resultaria em uma cruzada, por assim dizer, para sua captura. O jedi wold provavelmente sair em vigor para encontrar o culpado. É difícil fazer negócios quando uma legião de feiticeiros do espaço está atirando em você.