Defina "minúsculo".
Normalmente, um moedor é usado para escavar uma rocha dura. Saber que tipo de rocha é relevante. Por exemplo, se estiver sujeito a fraturas, você definitivamente desejará usar um moedor e tomar medidas especiais.
Para escavar uma esfera manualmente, o equipamento típico seria um moedor de eixo flexível com um acessório de ângulo reto. Será um processo longo. Os profissionais podem usar fresadoras especializadas para fazer algo assim, mas esse equipamento custa muito (como US $ 100.000 ou mais).
Você pode contratar um maquinista para fazer o trabalho. Onde eu moro, eles cobram talvez entre US $ 300 e US $ 500 para fazer algo assim.
Atualização com base no comentário do OP: se o buraco tiver 5mm, é quase certo que eles estejam usando uma fresadora CNC para fazer isso com uma broca de diamante hemisférica de haste reta. Programar o moinho para fazer uma curva esférica inversa como essa requer experiência. Se o exterior da esfera for irregular, você precisará de um moinho de 6 eixos, muito caro.
O desenho abaixo mostra a estratégia básica usando uma haste reta com uma broca. Obviamente, uma configuração complexa ou CNC é necessária para controlar o cortador para criar uma cavidade interna perfeitamente esférica.