Vá em frente. Ovos em sua casca são muito resistentes. Tecnicamente, uma quantidade muito pequena de água será absorvida pelos ovos, mas, a menos que você os pesasse, provavelmente não notará.
Eu tenho uma pequena advertência: os ovos são suscetíveis a cheiros, a casca de calcário é bastante permeável. Então, se a água da sua torneira tem muito cloro ou outras coisas de sabor strong, provavelmente não é uma boa idéia deixar os ovos absorverem isso. O mesmo acontece se você mora em uma área do mundo onde a água da torneira pode estar contaminada por bactérias. Nesse caso, você precisa ferver a água antes de adicionar os ovos.Em suma: se a água é boa, não há problema.