Isso parece ser Robo personalizado .
It was likely on the PS2 or that generation of consoles...
Lançado em 2004 no Gamecube, ele se ajusta ao cronograma descrito.
I think it was an RPG from Japan.
Receio que não consiga corresponder a essa parte da descrição - eu a descreveria como um lutador de arena, embora a wikipedia chame de RPG de ação. No entanto, os desenhos e a escrita do personagem do jogo têm um pouco de "JRPG estereotipado" às vezes, então eu ocasionalmente ouvi pessoas sugerirem que o jogo é uma reminiscência de um JRPG. Talvez isso possa explicar a discrepância.
The setting would have been slightly futuristic.
Verifique. O jogo acontece em uma cidade futurista na qual robôs e outras tecnologias avançadas são comuns.
The main protagonist, a young man/boy...
Verifique.
his town (which had been secluded in some kind of structure)
A cidade é construída dentro de uma cúpula gigante, veja a imagem abaixo.
It was about a town of humans who weren't allowed to leave the town premises... They all believed that the world was flat. The main protagonist, a young man/boy, was allowed to leave the town for some reason. It was revealed to him that the world was not flat
De fato. Uma conspiração do governo convenceu a população da cidade de que a cúpula em que vive é toda a extensão do mundo e de que não há "fora" para falar. Notavelmente, o elemento "Terra Plana" é explicitamente criado como um ponto no enredo no jogo: o jogador primeiro descobre que algo está errado durante uma cena humorística na qual você é perguntado se a Terra é plana ou redonda. Se você responder "round", os outros personagens zombarão de você por não ter prestado atenção na escola.
when he left the town he came to realize that the world outside of his town... had been destroyed. The outside world was reminiscent of a post-apocalypse, fallout-style world...
Verifique. O mundo exterior (referido por esse nome exato, na verdade) é um deserto desperdiçado-esque explodido.
...which had other structures like the one his town was in.
Havia algumas estruturas comparativamente futuristas do lado de fora, mas nenhuma outra cidade, e nada semelhante à cúpula.
No geral, há alguns bits que não correspondem, mas elementos suficientes se encaixam, o que parece ser uma correspondência bastante próxima à descrição da pergunta.