Existem algumas questões diferentes aqui.
O primeiro é que sim, depois que o Homem-Aranha da Guerra Civil reverte para seu traje preto temporariamente depois que tia May é baleada. Isso acontece nas edições Amazing Spider-Man # 549- # 543. Logo após este arco estão as linhas de história "One More Day" e "Brand New Day". O traje do Homem-Aranha mudado para preto é refletido com precisão nos quadrinhos dos Novos Vingadores e retorna ao seu traje tradicional após o término da história "Back in Black".
Em seguida, a pergunta sobre a invasão secreta. O enredo da invasão secreta percorreu os números dos Novos Vingadores # 38-47. Agora, no que diz respeito ao Homem-Aranha, não me lembro de nenhuma história da Invasão Secreta no título do Amazing Spider-Man (provavelmente devido à grande mudança de status quo trazida pelo Brand New Day). No entanto, houve uma minissérie de 3 edições que abordou o Homem-Aranha e seu envolvimento na Invasão Secreta. Chamava-se Invasão Secreta: O Espantoso Homem-Aranha.
A última questão trata de Mephisto e a remoção da identidade do Homem-Aranha. O enredo que percorre o enredo "One More Day" é um cruzamento entre os diferentes livros do Homem-Aranha da época. Esta é a ordem de leitura de "One More Day":
- Espetacular Homem-Aranha # 544
- Amistoso Bairro Homem-Aranha # 24
- O Homem-Aranha Sensacional (vol. 2) nº 41
- Espetacular Homem-Aranha # 545
Para obter a história completa, você precisa ler os outros dois quadrinhos que não fazem parte do Amazing Spider-Man. Agora a parte final de sua pergunta lida com Mephisto e o acordo que Peter e Mary Jane fazem com ele. O acordo dissolve o casamento de Mary Jane e Peter, salva a vida de tia May e reverte a revelação pública de Peter de que ele é o Homem-Aranha que ele faz na Guerra Civil. Embora os Vingadores não se lembrem de sua identidade ou de seu casamento, todos os outros status quo foram preservados no Universo Marvel.
Espero que isso ajude e faça uma leitura feliz!