Nos quadrinhos (Terra 616, Ultimates, etc)
Na maior parte, os X-Men são considerados um grupo "desonestos". Eles operam fora da lei e geralmente evitam a autoridade externa (sendo o X-Factor a exceção).
Como tal, a maioria dos mutantes - e especialmente os X-Men, teriam pouco interesse em se juntar ao que é efetivamente um grupo militar controlado pelo governo.
Dito isto, Skids - um Morlock e um membro do X-Factor e do X- Terminadores se tornaram um agente da SHIELD .
Kitty Pryde foi recrutada pelo então comandante em ação (GW Bridge ) para se tornar um agente temporário da SHIELD
Mais recentemente, Alison Blaire, um Dazzler , foi recrutado para S.H.I.E.L.D como um ex-X-Man que pode ajudar a fornecer uma visão da linha de pensamento de Scott Summers.
However, she has been secretly replaced by Mystique.
No universo cinematográfico / televisivo (Terra 199999)
A principal razão por trás da separação é, como outros apontaram, uma questão de direitos. Direitos a todas as franquias mutantes e referências a eles, bem como ao Quarteto Fantástico e são de propriedade da Fox, enquanto a Marvel detém os direitos de S.H.I.E.L.D e os Vingadores e propriedades relacionadas (e a Sony ainda detém os direitos do Homem-Aranha). Como tal, os mutantes não existem no Universo Cinematográfico Marvel - com uma pequena pseudo-exceção de Quicksilver e Feiticeira Escarlate, que não serão mutantes no MCU.
Além disso, uma distinção deve ser feita em relação a ser um membro de S.H.I.E.D.D e um membro dos Vingadores. Atualmente, no MCU, nenhum ser super-poderoso existe como membro de S.H.I.E.L.D - apenas como um membro dos Vingadores (lembre-se que a Viúva Negra e o Hawkeye são meramente agentes altamente treinados com habilidades excepcionais).
Editar : O recente trailer do Capitão América: O Soldado Invernal menciona Cap dizendo que ele "se juntou a S.H.I.E.L.D" em algum momento. Exatamente quando isso aconteceu não está claro. Ele trabalhou com / para eles durante Os Vingadores, mas eu nunca tive a impressão de que qualquer um dos Vingadores, além de Viúva Negra e Gavião Arqueiro, eram agentes oficiais.
Durante o filme The Avengers, o conselho que governa S.H.I.E.D.D mostra desaprovação de contar com seres super-poderosos. Embora o Diretor Fury e seus homens em campo possam estar bem lutando ao lado dos Vingadores, é inteiramente possível que o corpo diretivo do S.H.I.L.D possa restringir os seres superpoderosos de serem agentes reais de S.H.I.E.L.D.