Existe, até onde eu sei, nenhuma resposta no universo. Pokemon gosta de lutar, Pokemon com treinadores batalha mais, recuperar mais rápido e ficar mais strong mais rápido, tantos Pokemon desejo de encontrar um treinador.
No anime, o Poder da Amizade (Atenção: link TVTropes) governa supremo: amor Pokemon seus treinadores. Mesmo Meowth, que é totalmente inteligente e tem uma personalidade amarga, gosta muito de Jesse e James. Nem todos os Pokemon gostam de seus treinadores ou os ouvem, mas a grande maioria ou sai de suas pokebolas gostando de seus treinadores ou cresce para gostar deles.
Com toda honestidade, não há muita razão para um Pokemon selvagem não gostar de um treinador que os capture - Pokémon selvagem normalmente não são encontrados a menos que eles ataquem um treinador (ou alguém, na verdade) que esteja viajando. Assim, Pokémons selvagens podem controlar as chances de serem capturados - se eles não querem encontrar um treinador, eles simplesmente não podem atacar as pessoas. Ter um treinador significa que um Pokémon terá acesso a comida, entretenimento, assistência médica, viagens e poderá lutar e treinar. É perfeitamente possível que muitos Pokémon selvagens, sabendo que isso aguarda um Pokémon que encontre um treinador, busquem um. Como a grande maioria dos Pokémon que são encontrados procura o encontro, é altamente improvável que haja muitos casos de um Pokémon capturado deixando para trás um companheiro ou um ninho cheio de ovos. Pelo contrário, Pokémon selvagens parecem órfãos em busca de um pai adotivo. Órfãos sedentos de sangue que conhecem seus pais adotivos irão colocá-los em jogos de gaiola.Essa resposta parece ser o suficiente - Pokémon geralmente pode evitar a captura, se desejar, então aqueles que são capturados devem ter sido abertos para a possibilidade. Ele se encaixa na evidência, embora seja escassa, e funciona para o caso geral.
Os outliers, no entanto, são onde fica complicado. Considere Pokemon Red e Blue, e o Pokémon de final de jogo que você pode ter tido. Articuno, Zapdos e Moltres são aves lendárias. Eles foram lendas (literalmente) por um longo tempo. Eles evitam ativamente o contato humano. Dizem que seu poder bruto supera o da maioria das criaturas (mesmo aquelas como Charizard ou Gyrados). Seu personagem, um menino de 11 anos, invade seus covis, os ataca e os coloca em uma pequena bola. Os Pássaros, que nada souberam além de liberdade e não buscaram nenhuma batalha, obedecerão a você tão bem quanto os Rattata da Rota 1 que se lançaram contra você em uma tentativa desesperada de escapar de sua superpovoada casa.
Por quê?
A única resposta que faz sentido, especialmente considerando que você também pode capturar Mewtwo, o mais poderoso psíquico que já existiu, é que algo os faz. É apenas uma teoria, mas, dadas as evidências, parece razoável concluir que há algo de especial nas pokebolas. Esses dispositivos são capazes de armazenar uma criatura viva do tamanho de uma baleia em uma bola do tamanho de uma palma que uma criança pode carregar. Uma vez capturados, os Pokémon podem ser armazenados como dados em um computador e enviados pela Internet.
Pokemon capturado em pokeballs pode tentar escapar, e os mais poderosos vão escapar com mais frequência. Minha teoria (apoiada por nenhuma informação canônica, apenas extrapolada a partir dela) é que parte do processo de captura muda a mente do Pokémon. Um Pokémon capturado tem obediência escrita em sua própria psique, provavelmente ligada à voz do dono (note como seu treinador sempre grita o nome do Pokémon quando o envia para fora?). Pokeballs vêm completos com um indutor automático de Estocolmo e fazem seu Pokemon o amar. Se eles resistirem ao processo de lavagem cerebral, a pokebola os cospe de volta.
Presumivelmente, pokebolas também têm alguma forma de criptografia que impede que os dados que representam um pokemon sejam duplicados, caso contrário, o Team Rocket teria apenas que capturar um Pokémon poderoso, e o BitTorrent faria o resto.Edit: Emblemas, a propósito, não fazem sentido. Não há razão para ter um crachá que torne uma pokebola mais eficiente em fazer lavagem cerebral em um pokemon que você tenha de outra pessoa. A única maneira que eu poderia imaginá-los trabalhando como algo diferente de um mecânico de jogo é se eles são um Pena Mágica (Atenção, link TVTropes) - no momento em que você ganhar os distintivos mais altos, você é habilidoso em controlar Pokémon em batalha. Já que o distintivo diz a você que o pokemon obedecerá a você, você espera que ele o obedeça, e o Pokémon obedece a voz strong e confiante que diz a ele para matar. Mesmo que seja pré-pubescente.