A escolha da origem de um sistema de coordenadas é de fato uma escolha arbitrária. Como não há um referencial absoluto do espaço-tempo, presumo que seja ainda menos o caso de um sistema de coordenadas relacionado ao hiperespaço.
Com Coruscant desempenhando um papel tão importante na época em que esse sistema de coordenadas que você menciona é usado, parece natural proclamar a origem para apontar para Coruscant, especialmente considerando tal mudança diruptiva na tecnologia (longe da viagem baseada na força para viagem baseada em tecnologia).
Em resposta ao comentário, deve-se acrescentar que as viagens baseadas na força provavelmente nunca institucionalizaram um sistema de coordenadas - isto é baseado no meu entendimento da Força em que outros meios de usar um construto matemático seriam usados para identificar o alvo de uma Viagem hiperespaçada.