Eu me arrependo disso pode ser tarde demais para o seu amigo (se assim for, eu gostaria de receber feedback), mas se não, sugiro que você tenha pouca escolha além de se candidatar a dois vistos J-1. O que foi escrito quando o pedido de visto B-1 foi rejeitado pode ser de alguma ajuda, já que teria sido meio que indicar naquele momento que um único J-1 seria suficiente (se sim), mas acho compreensível se o rejeição não incluiu tal conselho.
Os EUA veem cerca de 38 milhões de Visitas internacionais a não residentes (Provisional 2015 figuras do National Travel & Tourism Office, planilha Business vs. Pleasure Travel). A análise dos dados aqui indica um total de ~ 260k J-1 participantes em 2014 em todos estados e 14 categorias, que já está bem abaixo de 1% do número de visitantes acima (que é depois de excluir mais de "o mesmo novamente" do Canadá e do México). A categoria que considero relevante aqui (Trainee) é inferior a 10k, portanto da ordem de um centésimo de 1% de todos os visitantes.
Acrescente a isso dois breves cursos em rápida sucessão com diferentes patrocinadores e receio que a situação seja tão incomum que haja provavelmente pouca familiaridade com precedentes, etc., mesmo entre aqueles que emitem vistos. Perguntar em um Consulado poderia ser aconselhável, mas eu ainda não confiaria no que foi dito a menos que eles tivessem tempo para fazer (e fizessem!) Alguma pesquisa, então para a maioria das pessoas isso pode não ser prático devido a restrições de tempo. Uma abordagem melhor poderia ser pedir a um patrocinador para perguntar em nome do viajante, já que suspeito ser um "atalho" para alguém que sabe. Entre eles, o 10k compartilhava apenas 55 patrocinadores.
Enquanto isso, sugiro que a melhor opção seria solicitar dois vistos. Deveria então ficar claro o que você está fazendo, e por que, e se o segundo pedido for rejeitado (ao invés de recusado) como não requerido, não posso ver que você teria perdido muito (talvez apenas a taxa).
Minha preocupação é em parte a terminologia dos 30 dias. 'Período de carência' implica algum tipo de concessão (embora eu aprecie que seja formalizado e todo o 'quadro acima'). Temo que usar esse tempo para um segundo curso possa ser interpretado como, pelo menos, explorar uma brecha, mesmo que não contra as regras. A última parte da citação que você mencionou para reinserir os EUA no segundo programa é provável que seja uma 'aproximação' - resultante das probabilidades acima. Enganar um caso como o seu, mas não inserir um "se necessário", não o torna incorreto.
Um problema administrativo pode ter um papel. Os J-1 são rastreados pelo Estado e pelo patrocinador, portanto, um único J-1 para dois cursos, se for dito em diferentes estados, poderia complicar o registro de estatísticas.