Meio difícil de seguir exatamente o que está acontecendo lá, mas aqui estão alguns pensamentos.
Em primeiro lugar, a fonte da água deve ser tratada primeiro. Se, de fato, estiver vindo de uma janela, a janela deve ser fixada, selada ou de outra forma parar o vazamento. Estou correto supondo que o vazamento esteja vindo de fora?
Segundo, qualquer água debaixo de um piso é um problema. Embora o ladrilho em si não produza mofo, a água presa abaixo do ladrilho afetará o contrapiso. Mesmo se houver uma placa de concreto abaixo da telha, ainda há um piso de madeira em algum lugar. Se a argamassa quebrou ou ficou solta e você está vendo o preto vindo através da argamassa, as chances são boas, é um molde diluído. A argamassa, thinset ou grout que detém o azulejo é agora um cimento endurecido e não se dissolverá facilmente com a água. Eu duvido seriamente que o líquido preto fosse criado pela argamassa ou pela argamassa. O mais provável é que haja água entre o suporte do ladrilho e algum produto de madeira causando a descoloração da água.
Por último, qualquer água parada sob um piso é um terreno fértil para mofo ou vermes, como formigas ou cupins. Se não secar, qualquer problema de apodrecimento só vai piorar e eventualmente comprometer a integridade de todo o piso.