No episódio The Chase (TNG S6: E20), a principal razão para a expansão da vida pode ser assumida como tendo sido criada pelas espécies proto humanóides que semearam a galáxia muitos séculos, senão milênios de antemão. Isso não apenas explica a existência de tantas espécies humanóides no universo de Jornada nas Estrelas, mas também a relação direta entre espécies exóticas como descendentes de uma única origem. Com toda probabilidade o Borg poderia assimilar outros não-humanóides, como Xindi não humanóide, é que a galáxia é povoada principalmente de humanóides.
O Borg também poderia ver a adaptação da tecnologia para trabalhar em não-humanóides, como Xindi-Insectoids e Xindi-Aquatics, como um dreno significativo de recursos e às vezes não tão útil, como no caso da Xindi. Esportes Aquáticos.
Expandindo e corrigindo partes da minha resposta original, há também muitas evidências de assimilação de Borg de não-humanos, mas não de não-humanóides. Podemos ver parte da evidência de outras espécies humanóides alienígenas que foram assimiladas com os episódios sobre o Unimatrix Zero.
No fim das contas, há apenas evidências de que os borgs tentaram assimilar uma criatura não humanóide, a espécie 8472. Para mim, isso é uma evidência de que os borgs só estavam interessados em não-humanóides avançados e não se preocupariam com isso. as espécies relativamente inúteis, como a Xindi-Aquatics.Acredito que mais evidências disso podem ser vistas aqui, nesta resposta.