Sim
A passagem relevante não diz que você usa o bônus de proficiência em vez de algum modificador. Em vez disso, especifica que você adiciona :
A entrada do Ape no MM tem +3 em suas jogadas de dano (provavelmente a partir de sua força, como você diz), e o recurso não elimina esse bônus, significando que ele ganha +3 + (proficiência) ao seu dano. rolos.In addition to the areas where it normally uses its proficiency bonus, an animal companion also adds its proficiency bonus to its AC and to its damage rolls.