Uma rápida olhada nas regras da FAA que regulam os balões de ar quente faz parecer que nos EUA, eles podem entrar em qualquer tipo de espaço aéreo, desde que possam fazê-lo com segurança. Então, teoricamente, eles poderiam arquivar um plano de vôo ou pelo menos alertar o ATC local para suas atividades.
Tudo isso dito, tendo estado envolvido em operações de balão de ar quente antes, eu acho que não seria muito viável.
Em primeiro lugar, voar em um balão de ar quente fora das condições da Regra Visual de Vôo (ser capaz de ver várias milhas) seria extremamente perigoso, então você não precisaria arquivar um plano de vôo para isso. Em segundo lugar, você geralmente só quer pilotar um balão de ar quente em áreas escassamente povoadas (espaço aéreo Classe G), e embora você possa ter um plano de vôo, não há necessidade. Uma área mais congestionada (Classe B ou Classe A) seria extremamente perigosa para navegar em um balão de ar quente. É muito difícil sair do caminho, já que controlar aonde você está indo é ... duvidoso às vezes.
Então, em resumo, sim, isso poderia ser feito, mas na grande maioria dos casos há pouca necessidade de fazê-lo. Além de apenas alertar o ATC local de que você estará na área.