Aqui está minha tentativa de responder a essa pergunta. Em primeiro lugar, sabemos que, uma vez que agora são rotulados como uma organização terrorista, isso significa que eles não são mais financiados pelo governo. Isso não significa, porém, que eles esgotaram todos os seus recursos embora. Lembre-se que S.H.I.E.L.D. tecnicamente é uma organização espionagem / tática, isso significaria que eles têm toneladas de salvaguardas, planos de contingência e backups no lugar.
Just look at the fact that everyone thinks that Director Fury is dead, and he had a secret base that was specifically made so that Coulson would find it.
S.H.I.E.L.D. muito provavelmente tem reservas extras de combustível, equipamento e dinheiro apenas no caso de algo assim acontecer. Isso não significa necessariamente que S.H.I.E.L.D. está condenada, certamente ainda está operando mesmo apesar do que aconteceu. A única coisa que sabemos com certeza é que atualmente a imagem pública de S.H.I.E.L.D. está condenado.