Uma cópia do assistente pode preparar magias para um livro de feitiços?

Sim, e isso está explicitamente declarado na página 114 do Manual do Jogador na barra lateral "Sua Livro de Feitiços" na descrição da classe do Assistente. Funciona exatamente como você espera:

If you lose your spellbook, you can use the [procedure in the preceeding paragraph] to transcribe the spells that you have prepared into a new spellbook. Filling out the remainder of your spellbook requires you to find new spells to do so, as normal. For this reason, many wizards keep backup spellbooks in a safe place.

Veja o restante da barra lateral quanto a custos e tempo necessários.

IIRC, o DMG tem uma regra para copiar feitiços em um livro de feitiços. Eles custam dinheiro e tempo para fazer cada feitiço (supondo que você precise pesquisá-los ou copiá-los de um pergaminho). Magias de baixo nível não são muito caras, mas as de nível mais alto podem ficar muito loucas. Pergunte ao seu mestre se esta é uma opção. Talvez, você (e seu grupo) possa ir em uma missão para recuperar um novo livro de feitiços da livraria da sua alma mater de Bruxo.