Aqui está minha opinião:
Walter queria morrer
Ele sabia que era uma questão de tempo até que a polícia chegasse até ele, e ele também não tinha muito tempo devido a sua doença. Isso fica claro na cena em que ele entrega a arma para Jesse e basicamente pede que Jesse atire nele.
Tendo percebido isso, Jesse evita filmar Walter e diz "faça você mesmo". Ele faz isso para irritar Walter, e também porque ele finalmente acabou sendo mandado por Walter. Esta é sua pequena vingança pelo mal que Walter lhe causou.