Para passar entre os terminais 5 e 4, você terá que pegar o AirTrain, o que significa deixar a área de segurança. Dito isto, duas horas devem ser mais do que tempo suficiente para deixar o seu portão, pegar o trem, passar pela segurança e pegar seu segundo vôo. Eu não ficaria preocupado a menos que seu vôo seja atrasado.
Disclaimer: Eu não passei por JFK muitas vezes, então pode ficar mais cheio do que eu já vi.