Não encontrei nenhuma fonte oficial sobre isso, mas acredito que a pergunta "O que começou" pode ser respondida com: A invenção das viagens no tempo .
Semelhante a como os viajantes do tempo não podem viajar mais do que (o que foi, 50? não me lembro) anos à frente / atrás do ponto zero (o que parece ser um é assim que é coisa no universo do filme) Eu acho que esse loop de tempo o protagonista está preso, é uma anomalia (ou é um "nomaly" ao inventar a viagem no tempo? quem sabe ...) que foi criado no instante em que os seres humanos daquele universo "quebrou" a física pela primeira vez.
Não podemos encontrar um começo "verdadeiro", porque não há um. De fora do loop, os eventos se desdobram de uma maneira lógica e todas as pessoas que não eram a protagonista estão apenas passando pelo loop sem serem afetadas. Mesmo outros viajantes do tempo podem estar bem no sentido de que eles viajam com rotas de fuga.
É apenas esse estranho instante do protagonista que está preso para sempre, revivendo-o repetidas vezes, enquanto todas as outras pessoas passam por ele.
No final do filme, o manipulador diz:
Understand, you are more than an agent, you are a gift given to the world through a predestination paradox. You are the only one. Free from history, ancestry.
(ênfase minha)
O que me deu a ideia para essa teoria ... Mas, no final, não podemos saber a resposta.