Esta é apenas a maneira como o amido funciona. E macarrão é feito de amido.
Na massa crua, você tem densamente embaladas moléculas de amido. Quando você a cozinha, a água penetra nas moléculas de amido na superfície da massa e, na presença de altas temperaturas, as amolece, amolecendo a massa. Isso é chamado de gelificação do amido. Acontece na panela enquanto você cozinha a massa.
Mas para que ocorra a verdadeira gelificação, você precisa de muita água no seu amido. E a água só penetra o amido lentamente. É mais rápido em massa (que é feita de farinha moída) como em grãos integrais (por exemplo, cozinhar arroz), mas a penetração da água ainda é bastante incompleta após os tempos típicos de cozimento da massa. É alto por fora, mas baixo por dentro.
Com o tempo, a água se expande através da massa. Se você soltar uma única gota de tinta em uma toalha de algodão e esperar, verá o que quero dizer. Então, quando você deixa a massa, a água está viajando das camadas superficiais hidratadas para o núcleo seco. Isso significa que a camada externa fica sem a água, e fica seca se deixada sem molho (nunca a viu? Um monte de macarrão vai ficar úmido, mas um único fio voltará a strong em uma noite), ou suga a umidade do sauche. Como um molho é principalmente água, é praticamente absorvido pela massa.
Esta foi a explicação para "o que causa" a absorção. Quanto a uma solução do seu problema, é muito difícil. É como perguntar "Eu derramei água sobre farinha, como posso evitar que a poça de água seja absorvida". Eu acho que você poderia tentar lubrificar o macarrão antes de aplicar o molho, ou outros truques. Mas nenhum funcionará bem. O molho não se agarra à massa impermeabilizada. Talvez você possa tentar usar o macarrão antes de cozinhá-lo, mas você terá uma massa mole que não valerá a pena comer (se não dissolver primeiro). A única coisa que funciona é não armazenar macarrão e molho juntos. Mantenha o macarrão coberto em uma tigela na geladeira, o molho em uma segunda tigela e misture antes de comer. Se você quer que o molho realmente penetre, você pode usar uma pequena parte dele na massa imediatamente, sabendo que ela vai desaparecer, e adicione o resto quando você comer.