Ele poderia ter, mas nada disso é mostrado.
Doc ainda tem o plutônio no final do filme - ele pula para o futuro com ele, porque o DeLorean ainda precisa desse combustível. É provável que ele tenha se livrado disso uma vez que teve o novo Mr Fusion como uma fonte de energia, mas nunca é mencionado onde ele o abandonou.
A reportagem apenas indica que o plutônio foi de fato notado como desaparecido, e isso é provável quando os terroristas de Doc o roubaram. Se Doc tivesse devolvido o que restava (presumindo que ele seria capaz de fazê-lo, ele não é o mais astuto das pessoas), eles ainda teriam ficado com os pellets curtos que ele usava, e o noticiário ainda teria acontecido. Se ele alterasse os registros, o roubo nunca teria sido notado, e não haveria nenhuma notícia, então ainda não é provável.
A única razão pela qual as notícias relatariam um erro de escritório é, de maneira típica, alguém tentando encobrir o roubo em vez de admitir que há plutônio solto e ninguém sabe onde.