Sim - já que a França e Portugal estão ambos no espaço Schengen, você vai limpar a imigração Schengen assim que desembarcar em Paris de qualquer maneira . Não haverá mais cheques de imigração no embarque ou desembarque do voo Paris-Lisboa (embora a companhia aérea queira ver a identidade no momento do embarque para ter certeza de que você é a pessoa para a qual ele vendeu o ingresso), e você pode ir livremente para Paris enquanto você está esperando.
Assegure-se de dar tempo suficiente para a verificação segurança quando voltar ao aeroporto para embarcar em seu voo em Lisboa.