A última vez que estive lá, foi muito fácil ir de um lado para o outro (esse não é o caso em Genebra, por exemplo) e não posso imaginar que se tornou mais difícil recentemente, com Schengen e tudo mais. Então você pode escolher o lado que for mais conveniente para você.
Coisas a serem lembradas:
- Vinheta da autoestrada suíça: os carros suíços têm maior probabilidade de tê-la.
- Seguros / regulamentos: as empresas de aluguer de automóveis têm todo o tipo de restrições à passagem das fronteiras. É provável que a Suíça / França seja boa em ambas as direções, mas verifique os termos do contrato.
- Alfândega: Se você está importando mercadorias caras, muito dinheiro, álcool, tabaco, etc., cruzando a fronteira Suíça / França significa mais papelada.
A propósito, a taxa de câmbio não será atraente, mas você provavelmente também poderá alugar um carro suíço e ser cobrado em euros, se desejar.