Eu acho que o problema é que estamos pensando nisso literalmente, 'parar o tempo'. Deveria ser impossível, pois o tempo é, afinal, um dos quatro poderes do universo e uma constante.
Isso nos deixa com três possibilidades para Hiro e Peter.
1) Auto-Manipulação de Tempo Aprimorada - Eles não estão "parando" o tempo; eles estão acelerando a ponto de parecer que o tempo parou em sua percepção. Certamente mata a teoria da bolha (quão horrível seria se o tempo parasse por apenas uma certa distância!) E explicaria como Hiro e Daphne (um speedster) poderiam, de fato, interagir. Naturalmente, isso significa que seus reflexos, velocidade, percepção e interação também precisam acelerar, em oposição a apenas hiperpercepção. Percepções extras são abundantes em histórias em quadrinhos (no topo da minha cabeça, a She-Hulk estava ciente das áreas e acontecimentos trans-dimensionais ao seu redor, embora eu não saiba por quê). Deadpool, é claro, está completamente ciente de que ele é um personagem de quadrinhos com caixas de texto para pensamentos e fala (conhecido como a quarta parede). Isso poderia ser apenas um poder de percepção extra, mas não explica realmente o teletransporte ... a menos que Hiro tenha ido de Tóquio para Nova York.
O próximo?
2) Viagem e Interação Subdimensionais Possíveis - Um truque atraente tanto no teletransporte quanto na interação bidimensional e na manipulação de duas dimensões separadas que interagem de uma só vez. Embora o teletransporte seja matematicamente possível (nós teletransportamos ondas de luz, aliás), a massa é mais complicada. Hiro poderia simplesmente estar se desviando para um sub-universo que toca o seu próprio, onde o tempo / espaço é na verdade uma variável, e não uma constante. Assim, parou o tempo com interação e a capacidade de respirar, e a capacidade de se mover de um local para outro sem caminhar. Pense nele aparecendo em uma fotografia do mundo que é tomada quando ele ativa seu poder, e a habilidade de se mover / fazer como ele achar melhor antes de voltar à realidade onde quer que ele deseje.
O último ...
3) Mestre do Tempo / Espaço Continuum
Sério. Quem precisa ser o Superman quando você pode fazer isso? Evidentemente, tanto Hiro quanto Peter morreram enquanto usavam suas habilidades para parar o tempo e se mover sem andar (Samurai Hiro é baleado e morto por Matt Parkman, Scarred Peter é baleado e morto por Claire Bennett, ignorando completamente o fato de que ele pode curar, ilusão e pare de balas), mas esse poder ainda é incrível.
De tudo isso, o terceiro parece o melhor. A pior explicação, mas se encaixa, o estilo Navalha de Occum.