RAW, Lightning Bolt só causa danos imediatos a criaturas.
Magias (ou partes de efeitos de magia) que são explícitas sobre afetando criaturas significam que, por padrão, não-criaturas não são afetadas por aquelas partes da magia.
Como você cita, a porção de Lightning Bolt que causa dano imediato a raios apenas o faz para criaturas em sua linha de efeito; eles fazem um save, e a quantidade de dano é baseada no save. Como a nave não é uma criatura, toda essa seção não se aplica a ela; não faz um save, nem leva qualquer parte do dano de 8d6 de raios.
No entanto, o navio ainda está potencialmente em chamas, conforme a próxima parte do feitiço:
The lightning ignites flammable objects in the area that aren’t being worn or carried.
Isso não está ligado à seção acima sobre como fazer um teste de resistência e simplesmente acontece com qualquer objeto aplicável dentro da área do Lightning Bolt , sem necessidade de salvar. Como tal, contanto que o navio seja considerado inflamável (e não usado e não carregado), ele deve simplesmente pegar fogo onde a área de efeito do Raio se sobrepuser a ele.
(Note que pode não ser considerado inflamável, dependendo da sua condição; o material molhado não queima facilmente.)
Dito isso, recomendo falar com seu DM sobre as especificidades de como isso funciona em sua campanha; Não é incomum que os Mestres permitam que os feitiços "somente criaturas" afetem os objetos de alguma forma. Além disso, não é incomum que DMs com temas de campanha específicos (como estar a bordo de navios para a maioria deles) tenham regras específicas para o que funciona, como funciona e o que não funciona ao interagir com eles para evitar situações em que, digamos, um feitiço comum é um destruidor de navios instantâneo.
Com relação a se você pode ou não apontar o Lightning Bolt para atacar as velas em primeiro lugar, a Área de Efeito soletra como Lightning Bolt , Fireball , etc. geralmente não se importam se um alvo afetável está ou não presente dentro deles; você está livre para colocá-los onde quiser, independentemente de haver algo afetando na área de destino. Magias de alvo único, por outro lado, fica um pouco mais estranho .