Tanto quanto sei, não há informações canônicas detalhando as diferenças nos livros (eu poderia ter esquecido alguma coisa). Eu suspeito que seja apenas uma linha descartável destinada a um efeito levemente cómico (uma garota com roupas de menino!), E também para indicar o quão ocupada estava - Madame Malkin está tão apressada que nem consegue tirar tempo para olhar seus clientes e determinar se são homens ou mulheres.
Vestes escolares regulares
Homens e mulheres tendem a ter formas corporais diferentes, especialmente depois de entrarem na puberdade. Eu suspeitava que a diferença - se houvesse uma - nas vestes escolares provavelmente estaria no corte para se adequar adequadamente a diferentes formas corporais.
Vestes de vestido
A citação diz "roupões vestido ", que são roupas usadas para ocasiões formais. Alunos de Hogwarts precisaram de vestimentas para o Baile de Inverno no quarto ano de Harry (os eventos de Cálice de Fogo ), e provavelmente também teriam usado vestes para o casamento de Bill e Fleur (começo de Deathly Relíquias ). Além de refletir as diferentes formas do corpo, imagino que também possa haver padrões e cores diferentes para as vestes das mulheres, e não para os homens.