Poderia ser Larklight por Philip Reeve?
Quando li sua descrição, lembrei-me dessa história que só tenho uma vaga lembrança de mim mesma. Lembro-me da história detalhada da flora e fauna lunar, e as duas crianças, menina e menino, são os personagens principais, embora a história continue passando por essa cena - para onde, não tenho certeza.
Na página da Wikipedia,
The story begins at Larklight, a house that orbits Earth's moon, where the Mumbys receive a visitor from the Royal Xenological Society, a Mr. Webster, who is revealed to be an extraterrestrial resembling an enormous white spider. Art and his sister Myrtle escape; but their father is captured and held prisoner.
Art and Myrtle leave in an escape pod and crash-land on the Moon, where they are encased with predatory larvae of the Potter Moth and freed by pirate Jack Havock and his crew.
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Larklight