É comum que alguns ossos sejam deixados para trás, então você deve sempre verificar o peixe antes de cozinhar. Eu uso um par de pequenos alicates para retirar qualquer sobra. Não deve demorar uma hora para limpar, no entanto. Qualquer sobra de balança deve sair com um enxágüe rápido. Se o filé deveria ser desossado e escalado, e ainda restavam muitos ossos e escalas, isso é um problema.
O peixe em si cheirava mal ou era apenas a loja que tinha cheiro? A loja só cheirava um pouco "peixe", ou cheirava a um desastre ambiental? Se você não está acostumado a trabalhar com peixes, pode ser um pouco sensível ao cheiro. Depois de levar o peixe para casa, você não deve cheirar odores nos filés.
Se você não estivesse impressionado, eu tentaria encontrar outro lugar e ver se você gosta dele melhor. Não é uma coisa ruim ter grandes expectativas, e você deve encontrar um peixeiro com o qual esteja feliz.