Do manual principal do Pathfinder, p136 (ênfase minha) :
Weapon Focus (Combat): Choose one type of weapon. You can also choose unarmed strike or grapple (or ray, if you are a spellcaster) as your weapon for the purposes of this feat.
1) Os raios (não outros feitiços de longo alcance, apenas raios) contam como armas de longo alcance para efeitos de feitos como Weapon Focus e para efeitos de disparar em combate corpo a corpo. Você faz tomar a penalidade ao atirar em corpo a corpo com um raio, mas você também pode pegar o Precise Shot feat para remover essa penalidade.
2) Pelas regras, sim ; no entanto, eu acho que um caso strong pode ser feito ao Mestre que você não deveria aceitar a penalidade, porque você não está atirando em uma briga, você já está dentro o corpo a corpo. Provavelmente não é uma boa maneira de evitar a penalidade, já que você estará provocando ataques de oportunidade.
3) Não, você não aceitaria a penalidade se você fosse o único em combate com o inimigo. A penalidade se aplica quando você ataca "um alvo envolvido em corpo a corpo com um personagem amigável". Loucura & clones de lado, você não é seu próprio amigo ou aliado, então se é só você, então não há personagens amigáveis no corpo a corpo.