A melhor explicação que temos para a disposição dos agentes de Zion em matar humanos conectados à Matrix vem de Morpheus, durante o programa de treinamento de agentes (ênfase minha):
The Matrix is a system, Neo. That system is our enemy. But when you're inside, you look around, what do you see? Businessmen, teachers, lawyers, carpenters. The very minds of the people we are trying to save. But until we do, these people are still a part of that system and that makes them our enemy. You have to understand, most of these people are not ready to be unplugged. And many of them are so inured, so hopelessly dependent on the system, that they will fight to protect it... [The Agent training program] is another training program designed to teach you one thing: if you are not one of us, you are one of them.
Está bem claro que Morpheus considera as pílulas azuis como seu inimigo e que as pílulas azuis estão, de certo modo, lutando ativamente para proteger a matriz.
A ideia de incapacitar as pílulas azuis não parece funcionar. Os agentes são livres para possuir qualquer pílula azul, porque eles são ligados ao sistema, e não importa em que estado a pílula azul está.
Um caso em que um agente de Zion pode ter tido a capacidade de incapacitar uma pílula azul (ao invés de matá-lo) ocorre no episódio Animatrix. Uma história de detetive . Nela, Trinity se encontra com um detetive quando um agente começa a tomar seu corpo. Como leva vários segundos para o Agente possuí-lo totalmente, Trinity pode ter tido tempo de nocauteá-lo. Evidentemente, ela não achou que isso faria qualquer diferença porque ela atirou nele. Isso impede que o agente possua o corpo do detetive e permite que o tempo de Trinity escape, mas provavelmente resultou na morte do detetive pouco depois.