Certamente não haveria problema em encurtar o tubo flexível de forma que ele não coletasse água em seu ponto mais baixo. Antes de cortar, certifique-se de compreender o tipo de acessório usado para unir esse tubo ao cesto de drenagem do lado direito. (Pode haver necessidade de ter novas peças se uma parte não for reutilizável).
Não é possível dizer a partir de sua foto se existe um P-trap instalado corretamente na linha de drenagem principal. Observe que a armadilha P também mantém um pouco de água para vedar o dreno, para que o gás de esgoto não entre na pia. Se essa armadilha estiver instalada incorretamente ou se não houver um tubo de ventilação adequadamente instalado no lado de fluxo descendente da armadilha, existe a possibilidade de que o cheiro ruim que você está experimentando possa não vir do tubo de transbordamento.
Então eu primeiro sugiro encurtar o tubo de transbordamento e depois limpar / higienizar o sistema de drenagem, incluindo o tubo de transbordamento. Então você pode reavaliar para ver se ainda há um mau cheiro nos drenos. Nesse caso, você precisaria que o pessoal do apartamento voltasse e corrigisse os possíveis problemas de armadilha.