Veja isso assim: não é declarado em nenhum lugar que o sono faz diminuir o seu SR. Você está indefeso enquanto dorme, mas isso não tem efeito sobre SR - na verdade, impede que você abaixe voluntariamente sua SR. E, como afirmado aqui:
A creature with spell resistance must voluntarily lower the resistance (a standard action) in order to be affected by such spells without forcing the caster to make a caster level check.
você não pode diminuir seu SR de maneira diferente, a menos que algo explicitamente afirme que você pode.
Portanto, não, a resistência à magia não é diminuída durante o sono.