A resposta mais óbvia é que A respiração de Data não consome oxigênio e cria dióxido de carbono. Como você observou em sua pergunta, a razão pela qual ele extrai ar para dentro de seu corpo é para regulação térmica, por exemplo para remover o calor do seu sistema.
DATA: Yes. I do have a functional respiration system. However, its purpose is to maintain the thermal control of my internal systems. I am, in fact, capable of functioning for extended periods in a vacuum. - Birthright, Part I
Mesmo se fosse sua respiração clássica (por exemplo, convertendo oxigênio e açúcares em CO2 + energia), então mudá-lo usando alguma forma de quimiossíntese ou fotossíntese (por exemplo, transformando CO2 e energia em oxigênio e açúcar) seria o próximo para impossível no curto espaço de tempo disponível. Seria como tentar obter um motor a combustão para funcionar com fumos e criar gasolina.
In-universe, Crusher e Geordi são especialistas reconhecidos na operação dos sistemas da Data. O próprio Data é provavelmente o principal especialista da Federação em design e manutenção android Soongian. Além de ter Bruce Maddox com eles, eles literalmente conseguiram o conjunto completo dos engenheiros mais experientes da Federação em relação aos sistemas e capacidades da Data em um só lugar.
O fato de que nenhum deles sugeriu isso na época sugere strongmente que isso simplesmente não pode ser feito.