Por que os humanos não podem resistir aos borgs quando são inteligentes o suficiente para projetar armas contra a espécie 8472?

Eu acho que a premissa é falha. A espécie 8472 mostrou-se vulnerável a uma mistura de tecnologia Borg (além de nossa capacidade de projetar, mas não além de nossa capacidade de refazer tarefas) e da tecnologia humana altamente experimental (EMH). As espécies 8472 podem ter a capacidade de destruir os cubos de Borg, mas em nenhum momento os humanos ganham o tipo de acesso irrestrito à sua tecnologia que eles fazem com os Borgs.

Isso tudo dito, a humanidade mostrou tanto o desejo de projetar armas para ajudá-los em sua luta com os Borg quanto uma strong capacidade de fazê-lo.

Armas anti-Borg

• Torpedos transpásicos
• Armadura ablativa
• Patógenos Neurolíticos
• Blindagem multi-adaptativa
• Vírus de anomalia topográfica
• Suspensão orgânica

A humanidade (isto é, a Federação) tem sido capaz de resistir aos Borg (como a resposta de Valorum mostra com alguns exemplos que eu não repetirei).
Comparar os Borg com a Espécie 8472 é como comparar maçãs com gnaisse. Suas vulnerabilidades e pontos strongs não são variações de grau no mesmo modo.

Os borgs demonstraram não ter engenhosidade ou inventividade. Parece que esta é uma de suas falhas essenciais: uma vez assimilados, o conhecimento, a tecnologia e as capacidades biofísicas do sujeito são copiados e utilizados, mas os traços mais mentais parecem ser ignorados e ociosos.
A sua capacidade de adaptação no passado foi limitada a um ajuste de permutações - por ex. mudar a frequência do escudo para combinar e neutralizar (através da harmonia destrutiva) a frequência do phaser de entrada.

É provavelmente por isso que o Coletivo finalmente concordou com o acordo de Janeway e por que designou um ajudante (7 de 9) para trabalhar com a Humanidade: o Coletivo estava aprendendo que poderia ganhar mais deles se fossem desassimilados.

    

O problema que você acha que existe não é nenhum na realidade, mas sim duas situações diferentes lá, que parecem SEM mas não são.

Os borgs conseguem se adaptar rapidamente a todos os armamentos. Isso significa que uma arma específica pode funcionar uma ou duas vezes, mas depois os Borg se adaptaram. Assim, a humanidade já projetou armas contra os borgs, mas elas não provaram ser eficientes o bastante rapidamente (ao tentarem adaptar os seres acostumados à adaptação).

A espécie 8472, por outro lado, possui tecnologia que por si só estava além dos Borgs. Assim, eles foram declarados um alvo primário para assimilação. Mas o problema é que sua tecnologia era tão alta que eles poderiam simplesmente destruir os cubos de Borg enviados para assimilá-los; o que eles fizeram e contra-atacaram.

Como Valorum mencionou em sua resposta: Borg não tem engenhosidade. Que é o que os humanos têm em abundância. Assim, com o nosso próprio caminho mais baixo do que o nível de tecnologia Borg, às vezes podemos até mesmo jogar contra o Borg um pouco até que eles se adaptem. Com a Espécie 8472, por outro lado ... eles tinham uma vantagem tecnológica que os borgs eram incapazes de combater, já que nenhuma outra espécie que eles haviam assimilado ou poderiam assimilar tinha tecnologia apropriada. Então, eles precisavam de engenhosidade que adquiriram na forma da equipe da Federação se unindo a eles.

O que é mais, porém, é que a Federação estava muito baixa no nível tecnológico para fazer a diferença, assim o Borg mudou isso ajudando com sua própria tecnologia. Assim, a Borg Tech e a engenhosidade humana fazem a diferença.

Mas voltemos à questão: o problema é que as duas situações são completamente não relacionadas. Os borgs são adaptadores sem engenhosidade, enquanto as espécies 8472 têm um nível de tecnologia muito alto, mas não são tão adaptáveis quanto os Borgs ou a humanidade. Então, além da Federação ser o azarão com bastante talento de improvisação em ambas as situações. Essas duas situações são radicalmente diferentes umas das outras.