No ano passado fui a Havana - Vinales - Cienfuegos - Trinidad - Santiago de Cuba - Baracoa com Viazul e Baracoa - Havana com táxi colectivo.
ad 1. Viazul geralmente pára apenas em alguns restaurantes no meio do nada. Quando eu estava viajando com Viazul havia algumas pessoas que deixam o ônibus entre paradas, eles confirmaram isto antes com motorista. Mas eu não acho que é 100% de certeza que você será capaz de fazer isso. E eu também não consegui encontrar a rota oficial, então essa pode não ser a melhor ideia. Além disso, no interior era sempre super frio (fora era > 30 C, dentro as pessoas estavam cobertas com cobertores, era como 14 C o tempo todo). Não havia ônibus noturnos, apenas a saída das 12h era às 8 da manhã, então você está perdendo o dia inteiro para viajar.
ad 3. Não tenho comigo, mas o guia Lonely Planet tinha uma lista de horários de partida. O único problema é que muitas vezes eles estavam desatualizados, a única maneira de confirmar 100% estava indo para a estação de ônibus depois de chegar a algum lugar e perguntando sobre os horários de partida, planejando sua rota apenas um passo à frente.
Taxi colectivos são mais flexíveis, mas geralmente mais caros (a menos que você tenha mais pessoas viajando com você, com 3-4 pessoas, é igual a Viazul). Você pode encontrar caras fornecendo seus serviços em cada estação de ônibus. Você pode definir um cronograma com eles normalmente. Se você está sozinho, você deve ser capaz de se juntar a outros turistas (mas com acesso restrito à Internet, muitas vezes é difícil), eu acabei de conhecer alguns poloneses na rua e organizei a rota com eles.
Como uma anedota, eu tive uma experiência ruim com colectivos, eu e os amigos deveríamos ir de carro novo com dois motoristas mudando (Baracoa - Havana é um longo caminho), mas nós temos um velho carro chinês com motor que estava morrendo constantemente, apenas um motorista agressivo, que no início estava dirigindo como um louco, e depois começou a adormecer ao volante. Nós tivemos que conversar com ele por algum tempo para mantê-lo acordado, depois de algumas horas meu amigo pegou o volante e o motorista foi dormir na fila de trás, era perigoso demais para ele dirigir. Eu não estou dizendo que é sempre assim, mas você nunca pode ter certeza, os colectivos não são controlados por ninguém.Se você estiver dormindo em casas particulares, pode pedir uma recomendação aos proprietários.
Há também um trem, mas não consegui encontrar nenhuma boa informação sobre ele.
Sobre o Soroa, eu encontrei isso em Wikivoyage
There’s no Viazul buses stopping in Soroa, however since the village starts at the highway junction and there’s an easy stop at the gas station, it's probably ok for the driver to drop you off there. Check with the driver first and then buy your ticket to Pinar del Rio (which is the next stop). The same hold when coming from Las Terrazas, although from there you can also take a cab for 15 CUC. Alternatively take a collectivo from Havana. You’ll find drivers around the Viazul bus station there, but may need to pay the full price to Viñales (15 CUC per person).