Sim, eles aumentam o custo.
O primeiro parágrafo após a tabela "Elaboração de Itens Mágicos" fala sobre os custos inerentes à criação de qualquer item mágico qualquer .
O próximo parágrafo - o que você cita - é mais facilmente pensado como uma sequência de cláusulas if aninhadas (na minha opinião). Infelizmente, para sua clareza, eles só usam a palavra "também" uma vez, mas acredito que o "também" de todas as cláusulas está implícito em sua construção "se". Então o fluxograma acabaria com algo como:
Creating magic item? Spend x days and 25x gp.
Produces spells? (also) spend appropriate spell slot each day.
Has components? also have those at hand.
Consumable? Still consumed.
Produces spell only once? Consumed only once.
Produces spell more than once? Consumed each day.
Dado que você precisa ter os componentes para sua varinha de bloqueio arcano em mãos nos dias 2-20, mas eles foram consumidos no dia anterior, agora você precisa fornecê-los novamente. A um custo para você.