Quando você sai da sua estação de partida "fora de Kyoto" para Yokohama, a tarifa básica do seu bilhete era daquela estação até a zona da cidade de Yokohama, que basicamente significa qualquer estação em Yokohama. Por isso, foi válido para sair na estação de Yokohama.
Ao voltar, você provavelmente comprou um bilhete para Kyoto, e a parte da tarifa básica era da zona da cidade de Yokohama (qualquer estação em Yokohama) até a zona da cidade de Kyoto (qualquer estação em Kyoto). Novamente, era assim válido entrar na estação de Yokohama. No entanto, a sua estação de chegada estava fora da zona da cidade de Quioto, portanto, não era válida para sair de lá, e um ajuste de tarifa era necessário.
Você deveria ter comprado um bilhete de tarifa básica para a sua estação de chegada, não para a zona da cidade de Kyoto.