Em Prometeu, Elizabeth Shaw e Charlie Holloway são parceiros científicos que também estão em um relacionamento antes dos eventos do filme. Eles descobrem a localização do LV-223 e recebem o apoio da Weyland para financiar uma viagem científica. É mera coincidência que eles estejam em um relacionamento, embora, é claro, esse fato seja usado mais tarde no enredo. Eles são um casal no navio porque são responsáveis pela expedição.
A situação no Alien Covenant é completamente diferente. Este é um navio de colonização, uma viagem intencional e unidirecional para se estabelecer em outro planeta. É claramente deliberado que o navio é (inteiramente?) Tripulado por casais que provavelmente quererão se estabelecer e criar famílias em seu destino.
Eu não acho que você possa extrapolar o segundo exemplo para dizer que ele é 'encorajado oficialmente'. É claramente encorajado, possivelmente uma exigência para as pessoas financiando uma colonização de outro planeta, mas por que seria um requisito geral? A viagem em Prometeu e o posterior Nostromo não é unidirecional e é em grande parte tripulada por pessoas solteiras.