O tema recorrente na trilogia Matrix é uma única palavra: escolha.
Neo não "acredita" que é O Um, e não se esforça como se pudesse refazer a Matrix como achar melhor, segundo a descrição de Morpheus do que é o traço definidor do Uno. É só quando ele se depara com o garfo de puxar o plug em Morpheus ou tentar salvá-lo, ele começa a perceber por si mesmo.
"The Oracle... she told me this would happen, she told me... that I would have to make a choice." - Neo
Mais tarde, Morpheus reforça essa ideia, antes que Neo possa expressar sua dúvida:
"Neo, sooner or later you're going to realize just as I did that there's a difference between knowing the path and walking the path." - Morpheus, to Neo
Finalmente, quando confrontado com o que deve ser a decisão óbvia de fugir do agente Smith, ele pára. Ele pára porque pode; ele não acredita que seja O Único, ele não questiona que este Agente possa fisicamente melhorá-lo, mas ele pára porque pode. Nos minutos finais do filme, Neo pára as balas das armas dos agentes unidos com uma única palavra, defende-se da tentativa de ataque do Agente Smith com apenas um braço e o rejeita com um único chute. Não podemos saber o que ele está experimentando neste momento, mas ele parece estar simplesmente escolhendo negar o que está acontecendo ao seu redor. Balas voam; ele rejeita sua premissa de inércia (não existe de qualquer maneira, pelo menos não na Matriz). Ataques de Smith; ele não se esforça em retaliar, sua expressão é focada e calma. Ele simplesmente escolhe não ser atingido.
Mais tarde, na série, vemos que Smith está vivo e bem, e tem uma compulsão por desobediência. Ele insiste que esse é o resultado de dados copiados ou sobrescritos:Smith: I don't fully understand how it happened, perhaps some part of you imprinted on to me, something overwritten or copied, it is at this point irrelevant. What matters is whatever happened, happened for a reason.
Neo: And what reason is that?
Smith: I killed you Mr. Anderson, I watched you die, with a certain satisfaction I might add. And then something happened. Something that I knew was impossible but it happened anyway. You destroyed me Mr. Anderson. Afterward, I knew the rules, I understood what I was supposed to do, but I didn't. I couldn't. I was compelled to stay, compelled to disobey. And now here I stand because of you Mr. Anderson, because of you, I am no longer an Agent of this system, because of you I've changed, I'm unplugged, a new man so to speak. Like you, apparently, free.
Smith está sobrecarregado com uma superabundância de escolha; onde ele uma vez cumpriu seus deveres e obedeceu à causa e efeito do mundo em que ele existia, ele agora vê que não precisa fazer nada disso. Infelizmente, ele percebe isso como sendo roubado de propósito, e continua a estragar todas as coisas.
Enquanto o filme continua, nos é dada uma visão crucial do segredo e do obstáculo de The Matrix; baseia-se em uma premissa falha para facilitar o comportamento imprevisto de humanos conscientes que rejeitam a prisão mental de Matrix.
The Architect: As I was saying, she stumbled upon a solution whereby nearly ninety-nine percent of the test subjects accepted the program provided they were given a choice - even if they were only aware of it at a near-unconscious level. While this solution worked, it was fundamentally flawed, creating the otherwise contradictory systemic anomaly, that, if left unchecked, might threaten the system itself. Ergo, those who refused the program, while a minority, would constitute an escalating probability of disaster.
De fato - mesmo com a considerável habilidade de Smith em igualar Neo ponto-a-ponto no último filme, ele é incapaz de forçar sua submissão e quando solicitado a responder:
Praticamente todos os aspectos dos principais temas de The Matrix giram em torno do papel da escolha na existência. Considerando que é capacitar os seres humanos, como Neo, Morpheus e Trinity, o antagonista Smith tem que conectá-lo a uma razão . Deve ser um meio para um fim, não um fim em si mesmo. Isso provoca flutuações no código da matriz que exigem a instalação limpa do programa principal a cada 100 anos ou mais. A trilogia Matrix usa as ramificações da "capacidade de escolher" como a diferença mais simples entre a consciência humana e a máquina.Smith: "Why, Mr. Anderson? Why do you do it? Why get up? Why keep fighting? Do you believe you're fighting for something? For more than your survival? Can you tell me what it is? Do you even know? Is it freedom? Or truth? Perhaps peace? Yes? No? Could it be for love? Illusions, Mr. Anderson. Vagaries of perception. The temporary constructs of a feeble human intellect trying desperately to justify an existence that is without meaning or purpose. And all of them as artificial as the Matrix itself, although only a human mind could invent something as insipid as love. You must be able to see it, Mr. Anderson. You must know it by now. You can't win. It's pointless to keep fighting. Why, Mr. Anderson? Why? Why do you persist?"
Neo: "Because I choose to.