Pode ser verdade? Claro, qualquer teoria pode ser verdade, essa é a beleza de uma teoria. É verdade? Provavelmente não.
Não temos motivos para acreditar que Jenny possa realmente regenerar / mudar seu rosto e também não temos motivos para acreditar que Flint seja outra coisa senão humana. Simplesmente não existe nenhum material canônico que diga o contrário.
Timelords são conhecidos por serem capazes de sentir um ao outro, então se Flint fosse de fato Jenny, o Doutor teria percebido isso há muito tempo, com Jenny tendo dois corações e tudo mais.