Sua especulação final está correta.
Em "Hell Bent", o Doctor fica muito irritado com o que aconteceu com ele depois de "Face the Raven". Em particular, ele diz que:
the confession dial was never meant to be used the way his was used -- to basically torture and interrogate a living Time Lord.
Podemos inferir disso que o Doutor nunca teria configurado seu confessionário para agir dessa maneira, então as pessoas que fizeram o acordo com Ashildir devem ter feito isso. Eles precisariam ter acesso a ele para fazer isso, então Ashildir o pegou antes de se teletransportar.