Nas palavras do próprio médico:
(Leela picks up the Tesh weapon.)
DOCTOR: You won't need that.
LEELA: How do you know?
DOCTOR: I never carry weapons. If people see you mean them no harm, they never hurt you. Nine times out of ten.
Isso não quer dizer que o médico não use armas como ameaças ou muito ocasionalmente para salvar a si mesmo ou aos outros, afinal, há casos documentados de cada um - como você esperaria em um show tão longo. Ainda mais se você contar "ameaçar" alguém com uma chave de fenda sônica.
No entanto, na experiência do Doutor, com uma mentalidade pacífica, ou pelo menos a aparência de um, resulta em resultados muito melhores do que a alternativa. As aparências importam.
Então, até certo ponto, é uma questão moral, pois a intenção e desejo do Doutor é evitar confrontos e violência, mas também é presumivelmente baseada na experiência (observada ou em primeira mão) do que acontece quando você se arma e procura como se você estivesse procurando por uma briga.