É afirmado no episódio que a "fábrica de arremessadores" atrai suas vítimas apresentando uma ilusão de tudo que sempre quis - no caso da Voyager, um buraco de minhoca que leva de volta à Terra, e a possibilidade que todas as suas vidas vão ficar bem (Note especialmente como Chakotay, um terrorista literal de acordo com a Federação, é oferecido uma posição de ensino de prestígio).
De acordo com o episódio, é por isso que Seven of Nine e Naomi não são afetadas: elas na verdade não querem voltar para a Terra; Sete tem medo de como ela será recebida, e Naomi pensa em Voyager como sua casa.
Como uma explicação científica ondulante, é possível que o campo neurogênico reaja com substâncias químicas cerebrais como a serotonina para colocar as vítimas no sono, e deixar a tripulação feliz foi apenas uma maneira fácil de conseguir isso.
Pessoalmente, não estou realmente satisfeito com essa explicação. Outra possibilidade é, como você diz, que Seven foi protegida por seus implantes Borg. Namoi pode ter sido protegida porque ela é meio ktariana; não seria a primeira vez que vimos uma herança de espécies mistas fornecer imunidade contra a Ameaça da Semana.