Eu acho que a confusão vem da diferença entre o Império Sith como um estabelecimento e Sith como uma prática. No universo principal de Star Wars (que é visto nos filmes), Sith é o oposto de Jedi. Jedi = bom, Sith = ruim. Mas você deve lembrar que originalmente o Sith era um império, uma instituição que existia com estrutura formal. Esta organização é o que existe no SWTOR. Enquanto os imperiais são muito mais "maus" em suas práticas, os indivíduos podem ou não ser verdadeiramente maus ou mesmo negros. Além disso, a República Galáctica é vista como boa gente principalmente porque no final eles vencem. Os vencedores costumam definir nossa visão da história, e assim se pintam como um bem absoluto enquanto pintam o inimigo como o mal. Esses estereótipos persistem até se tornarem cimentados no vernáculo que você vê nos filmes.
Existem usuários das forças do lado negro e da luz, tanto no Império Galáctico quanto no Império Sith. A República Galáctica chama seus usuários de força de "Jedi" e o Império Sith os chama de "Sith". Não foi até depois dos eventos da SWTOR que Jedi se tornou sinônimo de "cara bom" e Sith com "bandido".